En la Posada Izumo, Minato Sahashi vuelve a reunirse con sus cuatro Sekirei —Musubi, Tsukiumi, Kusano y Matsu— tras escapar por poco del escuadrón disciplinario de MBI. Cuando el presidente Minaka lanza la segunda etapa del Plan Sekirei, la facción del Norte queda atrapada entre la búsqueda de la última Sekirei sin alas y los movimientos del Ashikabi rival Higa Izumi en Tokio. Esta segunda temporada continúa de inmediato la trama del Plan Sekirei desde donde la dejó la temporada anterior.