Ao se matricular na Academia Ohtori, Utena Tenjou ainda procura o príncipe que a consolou quando criança, mas acaba envolvida nos estranhos rituais do conselho estudantil em torno da colega Anthy Himemiya. Ao vencer um duelo contra o conselheiro Kyouichi Saionji, Utena se torna noiva de Anthy como a 'Noiva da Rosa', e outros duelos contra Touga Kiryuu, Juri Arisugawa e Miki Kaoru testam o real valor de reivindicá-la. O mangá foi publicado junto com o anime de 1997, mas segue seu próprio rumo na história.