El piloto de sumergibles de aguas profundas Onodera y el profesor Tadokoro, geofísico, rastrean una serie de terremotos y el hundimiento de un islote de las Ogasawara hasta llegar a una única conclusión inimaginable: el archipiélago japonés entero se está hundiendo. Esta segunda adaptación al manga de la novela de 1973 se extiende mucho más que la versión breve de los años setenta, incorpora el estilo visual de la película de imagen real de 2006 y amplía el alcance de la catástrofe en un Japón contemporáneo.