Reprovado duas vezes no vestibular, Minato Sahashi é derrubado por Musubi, uma garota que cai do céu bem em cima dele. Ela é uma Sekirei, um dos 108 seres superpoderosos soltos em Tóquio pelo conglomerado farmacêutico MBI. Cada uma precisa se vincular a um humano, o seu Ashikabi, por meio de um beijo para liberar todo o poder e então lutar contra as outras no chamado Plano Sekirei. Musubi escolhe Minato, e logo o apartamento dele reúne outras Sekirei, como a manipuladora de água Tsukiumi e a lutadora de tecidos Uzume, enquanto o presidente da MBI, Minaka Hiroto, acelera a disputa.