Após desencadear o Quase Terceiro Impacto, Shinji Ikari permanece catatônico enquanto Asuka o arrasta até Village-3, um assentamento de refugiados onde antigos colegas como Toji e Kensuke reconstruíram suas vidas. À medida que Shinji se recupera, Gendo Ikari e a NERV seguem com um plano de refazer o mundo inteiro. Este quarto e último filme do Rebuild encerra a saga reimaginada de Evangelion.