Makoto Naegi é levado a julgamento na sede da Fundação do Futuro por ter abrigado os Remanescentes do Desespero. Antes de qualquer veredicto, um novo Monokuma lacra o prédio e força todos a participar de um jogo de morte final. Cada participante carrega uma ação proibida secreta e letal, e a de Makoto o impede de correr pelos corredores. Este arco original do anime dá sequência aos eventos de Danganronpa 2 e encerra a saga de Hope's Peak.