Na segunda temporada, Satou escala sua campanha de terror, assassinando publicamente autoridades ligadas à pesquisa sobre Ajin. Kei Nagai, que escapou do cativeiro governamental, decide enfrentá-lo e encontra aliados improváveis no agente Yuu Tosaki e em sua assistente Ajin, Izumi Shimomura. O confronto entre Satou e o governo japonês avança rumo a uma guerra aberta.