Ninjas do País do Céu atacam Konoha de surpresa, buscando vingança pela destruição de sua terra natal durante a Segunda Grande Guerra Ninja. Naruto Uzumaki, Sakura Haruno e Hinata Hyuga partem para escoltar Amaru, uma jovem curandeira, e seu mentor Shinno até a aldeia deles. No caminho, Naruto reencontra Sasuke Uchiha, e a fortaleza voadora dos ninjas do Céu e uma entidade que devora chakra chamada Cauda Zero transformam a escolta em algo muito maior.