A assassina transformista Golden Darkness, conhecida como Yami, volta à cidade de Rito Yuuki para investigar a fundo a própria origem. Lá encontra Mea Kurosaki, sua irmã mais nova artificial, sendo conduzida nas sombras pela enigmática Nemesis. Tearju Lunatique, a cientista que criou as duas, agora dá aulas na escola de Rito e quer viver com elas a família que nunca tiveram. Enquanto isso, a princesa Momo Deviluke continua tocando seu Plano Harém para tornar Rito rei do império Devilukean, e Haruna Sairenji, paixão antiga dele, se aproxima cada vez mais de admitir os próprios sentimentos.