Edo está mergulhada no caos e Gintoki Sakata se reencontra tanto com aliados quanto com antigos inimigos, enquanto o imortal Utsuro tenta deflagrar uma guerra capaz de destruir o planeta. Shinsuke Takasugi, velho companheiro que virou antagonista, e seu Kiheitai voltam à luta, obrigando a Yorozuya e seus amigos espalhados a se unirem contra uma ameaça voltada contra a própria Terra. Esta temporada adapta a primeira metade do arco final de Gintama.