De Q'ten Lo, nação isolada a cujo trono Raphtalia tem direito por linhagem, partem assassinos com ordens de matá-la. Para defender sua companheira demi-humana, o Herói do Escudo Naofumi Iwatani leva o grupo para dentro do país e se vê no meio de uma rebelião local contra o regime vigente. Enquanto isso, os outros três Heróis Cardinais continuam desaparecidos e a próxima Onda de Calamidade se aproxima.