Quando o colecionador Lawrence III começa a capturar Articuno, Zapdos e Moltres em sua fortaleza voadora, tempestades tomam conta do mundo e Lugia, o guardião do mar, desperta. Ash Ketchum, Misty e Tracey acabam parando na ilha Shamouti, onde um festival escolhe Ash como o Escolhido. Para restaurar o equilíbrio, ele precisa recolher os três tesouros elementais nas ilhas das aves lendárias. Este é o segundo filme de Pokémon.