Nesta terceira temporada de Free!, Haruka Nanase se mudou para Tóquio para a faculdade e reencontra Asahi Shiina, um rosto do seu clube de natação do ginásio. O reencontro reabre a antiga dissolução do time e o distanciamento de Ikuya Kirishima, que voltou do exterior decidido a nadar melhor que Haruka em vez de se juntar a ele. Enquanto Haruka treina para competir a sério e Rin Matsuoka trabalha com um treinador profissional, o grupo sai da natação escolar para as pressões do esporte adulto.