O nível do mar subiu e a Frota da Névoa isola a humanidade de seus próprios oceanos. O cadete naval Gunzou Chihaya comanda o I-401, um submarino da Névoa que desertou para o lado humano e cujo Modelo Mental surge como uma garota chamada Iona. Apoiados por uma facção do governo japonês, Gunzou e sua pequena tripulação precisam furar o bloqueio para levar um protótipo de ogiva de vibração aos Estados Unidos, a primeira arma capaz de enfrentar a Névoa em pé de igualdade.