Num futuro dividido entre a reluzente Neo Domino City e a empobrecida Satellite, Yusei Fudo constrói seu próprio Duel Runner para escapar da favela. Seu amigo Jack Atlas rouba a máquina e sua carta mais valiosa, o Stardust Dragon, e foge para Neo Domino a fim de se tornar campeão de duelos. Yusei vai atrás para recuperá-las e chega a uma cidade onde os duelos acontecem em alta velocidade sobre motos, nos Turbo Duels.