A ilha de Sentan vive uma calma tensa entre os militares e os seres ligados ao Hiruko. Numa manhã comum a caminho da escola, Akiyuki Takehara é pego em um ataque e uma joia se aloja em seu braço, forçando sua transformação em um Xam'd. Uma andarilha mascarada chamada Nakiami o leva para sua aeronave a fim de ensiná-lo a se controlar, pois um Xam'd que perde a si mesmo vira pedra, e Akiyuki deixa para trás seu lar e o amigo Haru.