Duas décadas depois que um acidente na usina nuclear de Odaiba transformou Tóquio numa cidade fantasma irradiada, as Forças de Autodefesa do Japão enviam três garotas do ensino médio quando um sinal de socorro chega das ruínas. Ibara Naruse, Aoi Fukasaku e Taeko Nomura são Coppelion, clones criados geneticamente para serem imunes à radiação, cada uma com uma habilidade própria. Sua unidade de saúde percorre a capital morta em busca de sobreviventes que ainda resistam.