Dez anos depois de uma nave de guerra alienígena cair na Terra, o SDF-1 Macross, reconstruído a partir dela, é lançado em 2009. A artilharia da nave dispara sozinha quando uma frota de gigantes humanoides, os Zentradi, chega e a confunde com uma nave inimiga. Um salto espacial malsucedido arremessa o Macross e um pedaço da ilha até a borda do sistema solar, com tripulação e civis presos a bordo. Entre eles, o piloto novato Hikaru Ichijo conduz o novo caça VF-1 Valkyrie e cruza o caminho de Lynn Minmay, que sonha em ser idol, enquanto a guerra os acompanha.