Ambientado em 2034, dois anos depois de Stand Alone Complex 2nd GIG, a Seção de Segurança Pública 9 está maior e sob o comando de Togusa, enquanto Motoko Kusanagi se demitiu para conduzir as próprias investigações. A Seção 9 abre um caso sobre uma onda de suicídios entre refugiados da República de Siak, um fio que puxa Batou e seus colegas em direção a um hacker de cérebros cibernéticos conhecido apenas como o Titereiro. Este especial de longa duração se sustenta sozinho e dá continuidade à trama de Stand Alone Complex.