Tomoharu Natsume vive acompanhado de Misao, a amiga de infância que morreu no acidente aéreo do qual ele escapou por pouco e que agora permanece ao seu lado como fantasma. A rotina do estudante do ensino médio desmorona quando um baú trancado fica sob seus cuidados e Kanade Takatsuki, uma garota vestida de sacerdotisa, aparece atrás dele, jogando-o numa guerra secreta por máquinas gigantes chamadas Asura Machina. Um contrato o torna um Asura Cryin' e faz de Misao a Boneca Funerária que move sua máquina, enquanto facções rivais se aproximam do que o baú guarda.