Num Japão alternativo dos anos 1960, super-humanos, alienígenas, fantasmas e garotas mágicas circulam à vista de todos, e o Escritório de Super-humanos do governo mantém fichas sobre todos eles e elimina em silêncio os que classifica como ameaça. Jirou Hitoyoshi entra ali convencido de que o órgão existe para protegê-los, e a primeira pessoa que ele recruta é Kikko Hoshino, uma bruxa que trabalha meio período numa cafeteria. Os episódios alternam entre esses primeiros anos e um Jirou mais velho, perseguido pelo próprio Escritório como renegado.