O clube otaku universitário Genshiken volta numa segunda temporada, com Sasahara assumindo a presidência do clube e a desenhista arredia Ogiue ainda tentando se enturmar com os colegas. Depois de garantir um estande próprio no próximo ComiFes, o clube deixa de circular pela convenção como comprador e passa a produzir e vender seu primeiro doujinshi, reunindo o talento de todos contra o relógio. Esta temporada dá continuidade direta ao anime original de Genshiken.