Na Exposição de Paris de 1889, o jovem inventor Jean conhece Nadia, uma artista de circo que protege uma estranha gema azul chamada Água Azul e sonha em voltar para sua terra natal na África. Perseguidos por ladrões e pelas forças Neoatlantes do mascarado Gargoyle, que cobiçam o poder da joia, os dois acabam se juntando ao Capitão Nemo e à tripulação do submarino Nautilus. Juntos, cruzam os mares atrás do segredo da Água Azul e da própria origem de Nadia.