Na futurista cidade de Mardock, a jovem prostituta Rune Balot quase morre na explosão de um carro armada por Shell, um apostador que quer enterrar o que ela sabe sobre ele. Salva por uma ordem de emergência chamada Mardock Scramble 09, ela é reconstruída como ciborgue pelo Dr. Easter e ligada a Oeufcoque, uma arma metamorfa que assume a forma de um camundongo dourado. Enquanto Shell manda matadores para terminar o serviço, Balot treina para sobreviver e testemunhar. Este é o primeiro de três filmes.