Himeko Kurusugawa e Chikane Himemiya são colegas na Academia Ototachibana, na cidade de Mahoroba, sem saber que são as reencarnações das mikos solar e lunar. Quando o Orochi de oito cabeças da lenda desperta de novo, suas identidades seladas voltam à tona e as convocam para pilotar mechas divinos contra a ameaça. Souma Ougami, amigo de infância de Himeko, está preso ao Orochi como uma de suas cabeças, mas se volta contra o próprio destino para protegê-la, enquanto a devoção de Chikane por Himeko se torna cada vez mais intensa.