Vinte mil anos depois de os kaiju expulsarem a humanidade da Terra, o capitão Haruo Sakaki retorna ao planeta natal a bordo da nave de emigração Aratrum, carregando ódio pelo Godzilla que matou seus pais. Ao lado do sacerdote exif Metphies, os exilados apostam num plano para enfim derrubar a criatura. Este primeiro filme de uma trilogia animada desembarca uma força de reconhecimento numa Terra cujo ecossistema Godzilla refez ao longo dos milênios.