Ao voltar de Okinawa, Tenma Matsukaze descobre que o futebol foi apagado da história pela El Dorado, uma organização do futuro determinada a eliminar o esporte. Um garoto chamado Fei Rune e um robô chamado Clark Wonderbot chegam na Inazuma TM Caravan, uma máquina do tempo, e se juntam a ele contra Alpha, o agente da El Dorado que apaga o jogo a partir do passado. Contê-lo exige seguir esse rastro por outras eras. Esta segunda temporada de Inazuma Eleven GO transforma a franquia dos torneios escolares em uma luta pelo tempo para devolver o futebol ao mundo.