A Academia Yokai, exclusiva para monstros, foi quase destruída, e Tsukune Aono, o único humano matriculado ali, volta carregando o sangue de vampiro de Moka Akashiya, contido por um limitador. Ele reencontra Moka e os colegas no começo de um novo ano. Koko Shuzen, irmã mais nova de Moka por parte de pai, se matricula, e uma organização humana chamada Fairy Tale passa a ameaçar o mundo dos monstros que a academia foi feita para proteger. Esta segunda série de mangá retoma diretamente o que a primeira deixou.