Numa noite de tempestade, no seu décimo segundo aniversário, Shion abriga um foragido que só dá o nome de Nezumi e cuida do ferimento dele. O gesto custa caro: criado entre a elite de No. 6, uma das últimas cidades-estado de pé depois da guerra que arrasou o mundo, o garoto perde tudo e vai parar na pobre Lost Town. Quatro anos depois, uma vespa parasita mata um colega de trabalho na frente dele, Shion é preso pelo que viu, e Nezumi reaparece para tirá-lo dali, rumo ao que existe além dos muros.