Train Heartnet já foi o número XIII, um assassino de elite da Chronos, uma organização de alcance mundial, até abandonar tudo para viver como um caçador de recompensas tranquilo, ou Sweeper. Ele viaja com o parceiro Sven Vollfied, um ex-agente de polícia, pegando trabalhos por todo o país. Um encontro com a ladra Rinslet Walker os leva até Eve, uma garota criada como arma biológica viva, que Train e Sven decidem libertar e acolher.