O sol fica negro e um Fenômeno de Colapso engole a cidade natal de Arata Kasuga com tudo o que havia nela, inclusive a rotina ao lado da prima Hijiri. Preso numa ilusão sustentada pelo Manuscrito Astil, o grimório que ela deixou para trás, o garoto recebe de Lilith Asami, uma maga, a escolha entre dissipar esse mundo ou ser executado. Hijiri talvez esteja viva, então Arata fica com o grimório e entra na Academia Royal Biblia, escola de magos onde Lilith é uma das Trinity Seven, as sete alunas mais fortes do lugar.