Sem conseguir mais falar com a melhor amiga, Hotaru Imai, transferida para um internato distante, Mikan Sakura, de dez anos, foge de casa sozinha atrás dela. A busca a leva à Academia Alice, escola escondida para crianças nascidas com poderes especiais chamados Alices, onde um professor chamado Narumi diz que ela também tem um Alice e a matricula. Enquanto se adapta entre colegas dotados, Mikan começa a perceber que a fachada simpática da academia esconde regras mais rígidas e segredos enterrados.