O fogo azul que consome as pessoas na rua não deixa corpo nem vestígio: no dia seguinte, não há sinal de crime algum. Da janela de um ônibus, a artista marcial Sakura Sakurakouji tinha visto um garoto parado e ileso em meio às chamas. Ele reaparece na sala dela como aluno transferido, Rei Ougami, o sexto Code:Breaker, assassino a serviço de uma organização secreta do governo que responde ao mal com fogo azul. Sakura se recusa a aceitar o lema dele de matar em nome da justiça e gruda nele, decidida a mudar o jeito como ele age.