Na Universidade Shiiou funciona o Genshiken, sigla da Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna, um clube dedicado a mangá, anime, jogos e doujin. Kanji Sasahara chega à faculdade escondendo os gostos otaku e é ali que ele para de esconder. Entre veteranos como o franco Madarame e o fã raiz Kousaka, Sasahara aprende a assumir suas paixões. Saki Kasukabe, namorada estilosa de Kousaka e única não otaku, vive sendo puxada para o clube e, contra a vontade, para as convenções e o cosplay.