A agência de inteligência japonesa Third-i recruta um estudante do ensino médio para quebrar um chip criptografado: Fujimaru Takagi, que em segredo é o hacker de elite conhecido como Falcon. No chip ele encontra imagens de um vírus que matou milhares numa aldeia russa, ligadas a um plano com o codinome Bloody Monday. Com o pai, agente do Third-i, acusado injustamente de assassinato e uma célula terrorista já em ação em Tóquio, Fujimaru entra numa corrida para impedir que o mesmo surto chegue ao Japão.