Na cidade de Mitakihara, uma aluna transferida chamada Homura Akemi avisa Madoka Kaname para não aceitar acordo nenhum. O acordo vem de Kyubey, uma criatura felina que propõe a Madoka, de catorze anos, e à amiga Sayaka Miki um desejo realizado, qualquer um, em troca de virarem garotas mágicas e caçarem bruxas. A veterana Mami Tomoe mostra às duas no que consiste o trabalho. Este mangá recria a série de televisão em três volumes, com um capítulo por episódio.