Há dois anos Shintaro Kisaragi não sai do quarto, e sua única companhia é Ene, uma tagarela garota digital que vive no computador dele. Um copo derramado o obriga a sair para comprar um teclado novo, e ele cai bem no meio de um sequestro dentro de uma loja de departamentos. Lá ele se junta ao Mekakushi Dan, um grupo de jovens, incluindo a própria irmã, cujos estranhos poderes ligados aos olhos os conectam a um fenômeno chamado Kagerou Daze. O mangá adapta a série de músicas e light novels Kagerou Project, de Jin.