Origin é um humano artificial criado por alguém a quem chama de Pai, e vive na Tóquio de 2048, ligada ao resto do hemisfério norte pela Ferrovia Eurasiática. Com a morte do Pai, ele descobre que os outros oito androides feitos ao lado dele matam pessoas à noite e resolve honrar a última ordem que recebeu: viver direito. Sob o nome humano de Jin Tanaka, arruma emprego no laboratório de robótica do conglomerado AEE enquanto seus pares mecânicos o caçam.