Assim que muda de escola, Shuichi Nitori senta ao lado de Yoshino Takatsuki, e os dois logo viram amigos, reconhecendo um no outro algo de si mesmos. Shuichi foi designado menino ao nascer e deseja ser menina; Yoshino foi designada menina e deseja ser menino. Do primário até a adolescência, eles enfrentam a identidade de gênero, as primeiras paixões e o começo da puberdade entre amigos e familiares que nem sempre os entendem.