Apelidada de Railgun pela habilidade de electromaster, Mikoto Misaka é uma das sete espers de Nível 5 de Cidade Acadêmica, metrópole de estudantes treinados para desenvolver poderes psíquicos. Ao lado da dedicada colega de quarto Kuroko Shirai e das amigas Kazari Uiharu e Ruiko Saten, ela atua na Judgment, a força estudantil de segurança, cuidando dos problemas da cidade. Os casos delas as aproximam dos experimentos mais sombrios escondidos na pesquisa de Cidade Acadêmica. Este mangá é um spin-off de A Certain Magical Index.