Atrás do homem que matou seu irmão, a caçadora de recompensas adolescente Yuya Shiina percorre o Japão do período Edo. No caminho ela esbarra em Kyoshiro Mibu, um pacato vendedor de remédios que divide o corpo com Demon Eyes Kyo, um espadachim temido e selado dentro dele. Kyo quer apenas o próprio corpo de volta, e essa busca arrasta Yuya e os companheiros para um conflito com o xogunato Tokugawa e com o sombrio e sobre-humano Clã Mibu.