A guerra provocada pelos planos da Mão Direita de Deus terminou, e Cidade Acadêmica segue em frente sem Touma Kamijou, que desapareceu. Accelerator se afastou do submundo e tenta uma vida comum ao lado de Last Order e Misaka Worst; Shiage Hamazura, de volta da Rússia, reúne novamente um Item reformado. A trégua acaba quando surge um grupo que se chama Freshmen, e o confronto entre magia e ciência em torno de Index e Mikoto Misaka ganha uma nova frente.