Uma estranha ampulheta cai da mão de Kanata Akagi enquanto ele organiza os pertences do avô falecido. O garoto, herdeiro de uma linhagem de magos em decadência que trocou a magia por uma vida comum, é arremessado 75 anos para o passado. Ele para numa Tóquio da era imperial à beira de uma Guerra do Santo Graal, onde uma light novel que carregava serve de catalisador e invoca a Servant da classe Saber, Okita Souji. Para irritação dela, os Selos de Comando se prendem à mão de Kanata, e não à sua, e a dupla relutante é jogada numa guerra pelo Graal.