O líder do Culto de Mitama sacrifica o próprio filho, Yukito Urabe, à deusa que serve, e o rapaz acorda séculos depois, num futuro distante e sem fé, onde o Estado Imperial apagou quase toda religião através da ciência. Quando o regime começa a perseguir os últimos crentes, Yukito precisa recuperar sua própria fé e invocar Mitama para proteger quem está ao seu redor.