Utena Hiiragi admira o trio de garotas mágicas Tres Magia desde criança, então, quando a mascote Venalita a engana e a transforma na líder vilã da organização maligna Enormeeta, ela acaba enfrentando as próprias heroínas que idolatra. Nesta segunda temporada, Utena continua comandando os planos da Enormeeta contra as Tres Magia, escondendo o quanto ainda as adora e sem conseguir apagar seus instintos de fã, mesmo tendo que interpretar o papel de inimiga jurada delas.