Dois meses após o atentado no Nine Schools Competition, Tatsuya Shiba é arrastado para a caçada a Zhou Gongjin, o mentor por trás do incidente, que fugiu para a antiga capital Kyoto e se refugiou entre os Tradicionalistas. Sua tia Maya Yotsuba envia os gêmeos Kuroba com um pedido direto de ajuda, e Tatsuya e sua irmã Miyuki viajam até a residência dos Kudou, agora o centro da resistência contra os aliados de Zhou, justamente quando Kyoto se prepara para sediar o Thesis Competition nacional daquele ano.