Angelina «Lina» Kudou Shields foge para o Japão justamente quando os Parasitas voltam a invadir, e uma rebelião na base STARS do Novo México deixa Canopus, o segundo no comando da unidade, encurralado sem nenhum lugar seguro para recorrer. Tatsuya e Miyuki Shiba intervêm para guiar Lina até a Ilha Miyaki, uma ilha vulcânica na costa administrada pela família Yotsuba, na esperança de mantê-la fora de alcance enquanto a crise ameaça explodir numa guerra mágica aberta.