Ao lado de Kou Minamoto, Nene Yashiro permanece perto de Hanako enquanto os três tentam descobrir um traidor escondido entre os Sete Mistérios, os guardiões sobrenaturais da escola. Espíritos como Mokke e Lemon Yamabuki acabam envolvidos na investigação à medida que a desconfiança se espalha pelo grupo. Esta é a segunda metade da 2ª temporada de Toilet-bound Hanako-kun, dando continuidade direta à Parte 1.