Faltam quinze dias para Nagisa Shiota e o resto da Turma 3-E do Colégio Kunugigaoka cumprirem o prazo de assassinar seu professor tentacular, Koro-sensei. O filme volta ao ano que ficou para trás com histórias paralelas que a série de TV nunca teve tempo de mostrar: projetos de arte, uma unidade de natação, treinos de assassinato e uma subtrama de Dia dos Namorados, além de flagrantes do que Koro-sensei faz depois da aula. Em vez de avançar a trama principal, ele preenche as lacunas do último ano da Turma 3-E.