Um bico para encontrar o duplo de um cliente dá errado e acaba colocando Spike Spiegel, caçador de recompensas da nave Bebop, na lista de mais procurados da polícia. Entre identidades trocadas e traições, os caçadores viram caça e a tripulação se enrosca em negócios da máfia espacial com Scorpion, o jovem chefe da Família Dragon Head. Publicado antes do anime, este mangá conta uma versão alternativa de Cowboy Bebop, com continuidade própria.